MacPro2009(Xeon X5680)と2010(Xeon X5690)のベンチマークを比較してみました。
3.33GHzと3.46GHzなので、誤差レベルだと思いますが、ベンチマークソフトによって結果は違いますね。
Geekbenchの場合

メモリも8G×6　48Gで同じです。
Xeon X5680の方が良い結果に。(^_^;
何度か試しましたが結果は同じで、何故なのかよくわかりません。
OSの違いですかね?
詳しい結果に興味のある方は下記からどうぞ。
MacPro2009 Xeon X5680の結果
MacPro2010 Xeon X5690の結果

CINEBENCHの場合

これは、CPUの違いがわかりやすいですね。
よほど重い作業でもしない限り、体感できるほどの差は無いでしょうね。
半分遊びでいろいろしてみましたが、一番体感できて効果的なのはM.2ですね。
AHCIは手に入れることは難しいし、旧MacProでNVMEにするにも、敷居が高いですからね。
そもそもPCIe2なので、そこまでしなくても良いかなと思います。